Основными направлениями работы Департамента являются поддержка малого и среднего бизнеса столицы, развитие человеческого капитала, создание и развитие инновационной инфраструктуры города. Департамент и подведомственные ему учреждения предоставляют субсидии и консультации для бизнеса, проводят образовательные и выставочные мероприятия, защищают интересы бизнес-сообщества, помогают московским компаниям выйти на зарубежные рынки и разрабатывают решения по улучшению предпринимательского климата столицы. Ведомство также курирует работу технопарков и детских технопарков, образовательного комплекса «Техноград» и инновационного кластера на территории города Москвы. Департамент проводит крупнейшие мероприятия для бизнеса: Московскую неделю предпринимательства, Московский предпринимательский форум, Московский молодежный предпринимательский форум, премию «Прорыв года», «Новатор Москвы», «Лидеры цифровой трансформации» и другие.